ב- 27 בספטמבר, 1986, החלום ספג התנפצות וזעזוע. איפשהו בשבדיה בנסיעת לילה, האוטובוס הסיור של הופעות הלהקה התחלק ללא שליטה והתהפך, כשהוא הורג קליף בארטון. השפעתו של קליף על הגידול המוסיקלי של הלהקה הייתה עצומה. בארטון שילב את פילוסופית 'עשה זאת בעצמך' בנגינה עם ידע אקוטי של תיאוריה מוסיקלית, והטפילד במיוחד למד הרבה מנגינתו ואישיותו.
זה היה בלתי אפשרי לדמיין את מטאליקה בלעדיו. אולם אחרי תקופת אבל קצרה אך אינטנסיבית, לארס, ג'יימס וקירק החליטו להמשיך קדימה. ג'ייסון ניוסטד נבחר מלמעלה מ- 40 אודישנים שונים להיות הבסיסט החדש. איש ארבעת המיתרים, יליד מישיגן, שעוזב את אריזונה ולהקתו Flotsam & Jetsam ומקבל את ההזדמנות של חייו. הרביעייה מיד קפצה לסיבוב הופעות, ואז מהר להקלטות אלבום גרסאות הכיסוי Garage Days Re-Revisited (הלהקה פשוט הקליטה בגראז' של לארס!).
עם ג'ייסון שלגמרי התבסס, הלהקה חזרה להקליט את אלבומה המלא והרביעי...And Justice For All, שיצא באוגוסט 1988. ההתפוצצות שהיתה באוויר סוף סוף התרחשה. האלבום הגיע למקום ה- 6 במצעד בארה"ב, וקיבל מועמדות לפרס גראמי לאלבום המטאל/הארד רוק הטוב ביותר, הלהקה העיפה להקות ענק כמוVan Halen מחוץ לבמה במהלך סיבוב Monsters Of Rock ולאחר מכן התחילה סיבוב הופעות עצום בכל רחבי העולם. זה היה אפילו הרגע שהם סוף סוף נכנסו לתחום הוידיאו, אף על פי שאורכו של השיר ' One ' היה קרוב לוודאי יוצא דופן בתעשיית הוידיאו קליפים של אותה תקופה.
הלהקה חזרה לסבב ההופעות וסיירה באופן מקיף בכל העולם. ...And Justice For All ייצר שתי סינגלים בארה"ב ואת הניסיון הראשון של הלהקה בתחום הוידיאו בשיר "One".
ב- 1991 מטאליקה שחררה את האלבום המכונה "האלבום השחור" ('Black' album ), וראתה את הפופולאריות שלה מרחפת לגבהים. עם המפיק החדש בוב רוק, האלבום היה המשך עדין לאלבום הקודם עם שירים יותר קצרים, סאונד יותר מלא וסידור שירים יותר פשוט.
האלבום קפץ ישר למספר אחד בכל רחבי העולם, נשאר שם לכמה שבועות וגמר במכירה של יותר מ- 15 מיליון עותקים בכל רחבי העולם, מוציא כמה סינגלים וכמו כן מרוויח פרסי מוסיקה בגראמי ואמ.טי.ווי \ אמריקה.
הלהקה פתחה בסיבוב הופעות למשך כשלוש שנים, , כשהם מופיעים במשותף עםGuns N' Roses וכלהקה ראשית בהרבה פסטיבלים. המשמעות הייתה שבסביבות סתיו 1993, ארבעת חברי הלהקה היו סחוטים פיזית ונפשית.
כמעט ארבע שנים עוברות לפני שהאלבום הבא של מטאליקה יוצא. Load, מוקלט באולפני Plant בסאוסאליטו קליפורניה, זה היה האלבום הכי ארוך עד-היום של מטאליקה עם 14 שירים, וסימן כמה שינויים משמעותיים ללהקה.
האלבום שהופק על ידי בוב רוק, אופיין בחומר שירים חזק, אקלקטי ורופף, סאונד עבה ופאנצ'י ושינוי שצעק חופש משעבוד לתקופת האלבום השחור.
כל כך הרבה שירים יצאו מהחזרות, שאלבום שני עם השם ReLoad, יצא מיד ב- 1997. סבב ההופעות Load tour היה מרהיב, עם טכנולוגיות חדישות, פעלולנים, שתי במות ואורך הופעה של שעתיים פלוס. הספיקות שהיו אי פעם אולי לאנשים, במהירות התנדפו הלאה, ובזמן ש Load לא יכול היה לעולם להשתוות לגבהים של מכירות האלבום השחור, הוא נעשה אלבום מצליח באופן בלתי-רגיל בזכות עצמו.
ב- 1998, הם ארזו כל ה- B-sides הישנים, שני אלבומי גרסאות הכיסוי הקודמים ורצו לאולפני Plant להקליט 11 קאוורים חדשים. מרתק וחשמלי, הדיסק הכפולGarage Inc. , היה תזכורת מצוינת לכך שעם כל ההצלחה, הלב של מטאליקה עדיין היה שם במוסיקה.
נקודה זאת הוכחה בהמשך ב- 1999, כאשר מטאליקה החלו בשיתוף פעולה עם המלחין מייקל קיימאן ועם הסימפוניה של סן פרנסיסקו להבאת מימד חדש לחומר הקלאסי שלהם.
כל הספקנות הפוטנציאלית של הפרויקט נעלמה בשני לילות באפריל ב- Berkeley Community Theater שהוכחה כציון דרך משמעותית בהיסטורית הלהקה.
בשונה מהחומר הבלתי מתפשר שלהם, הארגון וההפקה של שירים כמו ' Master Of Puppets ' נתן לכלים הסימפוניים הזדמנות להתפוצץ לתוך הרווחים ולמלא אותם עם כוח יותר גדול ויותר כבד מאי פעם בעבר. אחרי שהקליטו וצילמו את ההופעות, מטאליקה שחררה את הדיסק הכפול של S&M וה- DVD בסוף שנת 99', וציון עוד פרק משמעותי בהיכל התהילה, ובהיסטוריה.